五十年代由於灣仔區貧苦人家眾多，何明華會督有見及此，首先於堅尼地道 98A 設立聖雅各福群會，展開社區福利工作。1961 年獲政府撥給毗連地興建校舍，由此聖雅各福群會、聖雅各堂、聖雅各小學分開負起灣仔區社會福利、傳福音及教育工作。
在二千年初開始政府為配合教育發展，有意重建聖雅各小學，使之成為千禧校舍，自此重建計劃開始醞釀，另一方面，聖雅各福群會在堅尼地道100號的舊會只餘下麥潔蓮幼稚園及一些托管服務；而聖雅各堂亦有五十多年歷史。經過數年的研究及討論，聖雅各小學、聖雅各堂及聖雅各福群會決定重建，組成一個聯合委員會，為三方重建作詳細計劃，期間得到聖公會管業委員會及香港島教區的支持。在教育局的領導下，重建工作沿用政府的招標程序，經過詳細的招標工程，巴馬丹拿集團（P&T Group）成為（Authorized Person），他們是一所歷史悠久、規模龐大的建築及工程事務所，在香港及世界各地曾獲不少建築獎項。而其中在香港較熟識的工程包括嶺南大學、香港科學館、交易廣場等。
聖雅各三方重建計劃由三方代表組成，並加入聖公宗小學監理委員會代表及香港島教區主教代表。當時由聖雅各小學校監潘梁學賢女士為主席。2009年暫遷往東院道臨時校舍，經過四年後。2013 年重建完成才遷回新校舍上課。
